Medisinmodulen lar deg legge inn alt av medisiner og medisinsk utstyr, og holder oversikt over utløpsdatoer og antall til enhver tid. Dette er en nyttig modul for både små og store fartøy. Fartøy over 500 bruttotonn som bruker CCOM sin medisinmodul trenger kun å sende inn medisinoversikt en gang hvert 3. år, fremfor en årlig kontroll.